中医男科学是二十世纪80年代独立出来的中医临床分支学科，该学科的建立不仅使中医男性医学的基础理论得以系统总结和升华，也使男科疾病的中医诊疗效果取得了突破性进展。阳痿(勃起功能障碍)、男性不育、慢性前列腺炎、前列腺增生等男科常见疾病几乎是世界难治性疾病，而运用中医药的方法诊疗往往能取得满意疗效，深受患者喜爱。与中医妇科疾病相对应而言，“腺、性、精、育”被称为男科四大主症，性功能(性)、生殖功能(育)的解剖、生理、病理学基础是主性腺和副性腺(腺),生殖功能又是腺、性加上精液(精)的复合体。它们既互相区别,又互相联系。其中腺是基础，性是外象，精是物质，育是结果，四者存之与共，缺一不可。该重点学科在学科领域急需解决的关键问题是对基础理论的进一步完善和前列腺疾病(良性前列腺增生症、慢性前列腺炎)、男性不育、男性更年期综合征、阳痿等男科疾病的基础与临床进行研究。1993年起，医院外科开展了部分男性疾病诊疗工作。2001年2月开始筹建独立建制的男科，5月正式成立，同时开始招收中西医结合临床外科方向硕士研究生。2003年开始招收中医外科学男科方向硕士研究生。2004年开始设置病房，医生增至5人。2005年被批准为云南省中西医结合男科研究中心，医生增至6人。2006年科室通过省级重点中医专科验收挂牌为云南省重点中医专科，2007年评为云南省中医名科。2009年5月批准为国家中医药管理局慢性前列腺炎补肾通利重点研究室建设单位，科室人员增至9人。2009年10月批准为国家中医药管理局中医药重点学科唯一的中医男科学建设点。2010年被批准为国家中医药管理局优势学科继续教育基地中唯一的中医男科学基地。目前已按国家中医药管理局重点学科建设规划书要求完成了阶段性的建设目标和任务，于2012年底通过国家中医药管理局中期检查评估。